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上海交通大學醫(yī)學院附屬新華社醫(yī)院成立于1958年，是新中國誕生后在上海建立的第一家綜合性教學醫(yī)院。近50年來，新華社以治療、誠信服務、樹立良好的公眾形象為突破，改善服務，規(guī)范醫(yī)療行為工作重點，在全社會的關注下，通過全體員工、醫(yī)院管理、醫(yī)療水平、醫(yī)療業(yè)務、服務意識不斷增強，教學科研不斷進步，醫(yī)院環(huán)境不斷美化，使醫(yī)院成為集醫(yī)療、教學、科研為一體的大型綜合性教學醫(yī)院。

1993年和1995年，衛(wèi)生部分別授予三級甲等醫(yī)院和嬰兒醫(yī)院稱號。自20世紀80年代以來，三次獲得全國良好集體稱號，六次被評為上海文明單位。

醫(yī)院有兩個臨床基地：新華社總部和上海兒童醫(yī)學中心；上海兒科醫(yī)學研究所、上海兒童先天性心臟病研究所、上海發(fā)育生物學重點研究室、上海環(huán)境與兒童健康重點實驗室；上海臨床醫(yī)學中心：兒童心血管疾病臨床醫(yī)學中心、兒童外科畸形矯正臨床醫(yī)學中心；上海第二醫(yī)科大學三所醫(yī)學院：兒科醫(yī)學院、新華社臨床醫(yī)學院、兒科繼續(xù)教育醫(yī)學院；新華社醫(yī)療開發(fā)公司、新華社泛亞醫(yī)療投資管理有限公司、上?？钓渭僦?廠。

近年來，通過對醫(yī)療市場的細致分析，醫(yī)院作為核心醫(yī)院與上海交通大學醫(yī)學院附屬第三人民醫(yī)院、崇明堡鎮(zhèn)人民醫(yī)院共同組建了的新華醫(yī)院集團;并在各級領導的關心下，尤其在楊浦區(qū)區(qū)委、區(qū)府和區(qū)衛(wèi)生局的大力支持下，楊浦區(qū)中心醫(yī)院已成為醫(yī)院的分院。

目前，醫(yī)院有1586張床位（包括上海兒童醫(yī)學中心358張床位）、44個臨床科室、66個專業(yè)、8個校級研究室、營養(yǎng)、超聲波、激光美容等6個診療中心WHO新生兒健康合作中心、衛(wèi)生部遺傳醫(yī)學新生兒篩查和遺傳代謝疾病中心、衛(wèi)生部推廣模式單位新生兒聽力篩查中心等。2004年，醫(yī)院門急診科總數(shù)達到246多萬人，38916人出院。

兒科已成為教育部重點建設學科、上海重點學科、上海交通大學醫(yī)學院211工程重點建設項目；兒童心血管學科已成為上海醫(yī)學領先學科；兒童血腫瘤、兒童保健、臨床營養(yǎng)中心已成為上海醫(yī)學重點學科；消化內(nèi)科已成為教育部重點建設學科、上海交通大學醫(yī)學院211工程重點建設項目；兒科已成為上海市教育委員會第三批重點學科；眼科、普通外科（胰腺）已成為上海交通大學醫(yī)學院的重點建設學科。

這些重點學科和特色專業(yè)大多站在醫(yī)學科學、生命科學Z的前沿，共獲得上海臨床醫(yī)學獎21項，處于國內(nèi)領先水平，部分學科進入世界好醫(yī)院在2007年全國醫(yī)院排名兒科排名（1），心血管疾病排名第六。