吉林大學(xué)中日聯(lián)誼醫(yī)院成立于1949年11月，前身是中國人民解放軍長春醫(yī)科大學(xué)外科學(xué)院，位于長春市新民大街829號(hào)。1993年7月，醫(yī)院主體遷入長春市仙臺(tái)大街126號(hào)，從而形成了總部、二部(位于新民大街)、三部(位于開運(yùn)街1433號(hào))三位一體的格局，其中總部占地面積20.19萬平方米，建筑面積13.44萬平方米。

吉林大學(xué)中日聯(lián)誼醫(yī)院是由吉林省人民和長春市人民撥地、衛(wèi)生部投資基建、日本無償援助價(jià)值26億日元先進(jìn)設(shè)備而共同興建的，新醫(yī)院的建成是中日兩國人民、兩國友誼的結(jié)晶，醫(yī)院被命名為“白求恩醫(yī)科大學(xué)第三臨床學(xué)院(中日聯(lián)誼醫(yī)院)”。2000年6月，吉林大學(xué)、白求恩醫(yī)科大學(xué)等5所高校合并組建新吉林大學(xué)，醫(yī)院易名為“吉林大學(xué)中日聯(lián)誼醫(yī)院”。

吉林大學(xué)中日聯(lián)誼醫(yī)院建院近60年來，吉林大學(xué)中日聯(lián)誼醫(yī)院建設(shè)有了長足的發(fā)展，確立了外科系統(tǒng)、微創(chuàng)治療、腫瘤放射治療在吉林省乃至東北地區(qū)的優(yōu)勢(shì)地位。醫(yī)院現(xiàn)有在職職工1501人，其中醫(yī)務(wù)人員1181人，具有職稱的醫(yī)務(wù)人員274人，其中教授80人，副教授156人。醫(yī)院現(xiàn)開放床位1550張，設(shè)有急救醫(yī)學(xué)科、骨科、心血管外科、胸外科、泌尿外科、男性生殖醫(yī)學(xué)科、乳腺外科、肝膽胰外科、胃腸外科、肛腸外科、腹腔鏡外科、神經(jīng)外科、手神經(jīng)外科、血管外科、顯微整形外科、整形美容科、手修復(fù)外科、手關(guān)節(jié)外科、心血管內(nèi)科、呼吸內(nèi)科、消化內(nèi)科、風(fēng)濕免疫科、腫瘤血液內(nèi)科、放射治療科、腦血管病介入科、感染科、內(nèi)分泌內(nèi)科、神經(jīng)內(nèi)科、干部科、婦產(chǎn)科、兒科、眼科、耳鼻咽喉、頭頸外科、口腔科、皮膚科、感染科、中醫(yī)科、糖尿病科、康復(fù)科、輸血科、科、核醫(yī)學(xué)科、放射線科、電診科、鏡檢科、病理科、檢驗(yàn)科、中心研究室48個(gè)臨床、醫(yī)技科室。

吉林大學(xué)中日聯(lián)誼醫(yī)院裝備有核磁共振掃描儀(MRI)、64排螺旋CT、數(shù)字平板血管造影系統(tǒng)、全數(shù)字化電子直線加速器、三維數(shù)字化C形臂X光機(jī)、實(shí)時(shí)三維心臟超聲影像系統(tǒng)、計(jì)算機(jī)放射成像系統(tǒng)(CR)、全自動(dòng)生化分析儀、流式細(xì)胞儀等先進(jìn)診療設(shè)備千余臺(tái)(套)。醫(yī)院年門診量70余萬人次，年出院4.2萬人次，年手術(shù)1.5萬人次，患者平均住院日12.2天。

吉林大學(xué)中日聯(lián)誼醫(yī)院被中華人民共和國衛(wèi)生部、聯(lián)合國兒童基金會(huì)、世界衛(wèi)生組織評(píng)定為“愛嬰醫(yī)院”，是衛(wèi)生部國際緊急救援中心網(wǎng)絡(luò)醫(yī)院，國家藥品臨床研究基地，是吉林省國家緊急救援培訓(xùn)鑒定中心、緊急救援定點(diǎn)醫(yī)院。吉林省和吉林大學(xué)的一些醫(yī)療、科研機(jī)構(gòu)設(shè)在該院，如吉林省外科研究所、吉林省創(chuàng)傷骨科研究所、吉林省心血管病研究所、吉林省乳腺疾病研究所、吉林省生殖醫(yī)學(xué)研究所、吉林省介入放射學(xué)研究所;吉林省腎臟移植與血液凈化研究中心、吉林省醫(yī)學(xué)影像工程技術(shù)研究中心；吉林省創(chuàng)傷骨科治療中心、吉林省人工關(guān)節(jié)治療中心、吉林省前列腺疾病防治中心；吉林省骨科質(zhì)量控制中心、吉林省風(fēng)濕免疫質(zhì)量控制中心、吉林省放射診療質(zhì)量控制中心、吉林省質(zhì)量控制中心；吉林大學(xué)前列腺疾病防治研究中心、吉林大學(xué)手外科疾病診療中心、吉林大學(xué)角膜移植中心、吉林大學(xué)乳腺甲狀腺外科疾病診療中心、吉林大學(xué)肝膽胰外科疾病診療中心等。

吉林大學(xué)中日聯(lián)誼醫(yī)院神經(jīng)病學(xué)是教育部高等學(xué)校重點(diǎn)學(xué)科；骨科學(xué)、耳鼻咽喉—頭頸外科學(xué)是衛(wèi)生部重點(diǎn)建設(shè)學(xué)科；內(nèi)科學(xué)、外科學(xué)、眼科學(xué)、耳鼻咽喉科學(xué)、臨床檢驗(yàn)診斷學(xué)、影像醫(yī)學(xué)與核醫(yī)學(xué)是吉林省教育廳普通高等學(xué)校重點(diǎn)學(xué)科。醫(yī)院中心研究室是國家中醫(yī)藥管理局分子生物學(xué)三級(jí)科研實(shí)驗(yàn)室，是吉林省人民法院、長春市中級(jí)人民法院親子鑒定指定實(shí)驗(yàn)室。醫(yī)院檢驗(yàn)科是衛(wèi)生部臨床檢驗(yàn)中心的臨床基因擴(kuò)增檢驗(yàn)實(shí)驗(yàn)室。吉林省臨床分子生物學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、吉林省心血管病重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、吉林省消化系病重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、吉林省創(chuàng)傷骨科重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、吉林省整形外科重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、吉林省耳鼻咽喉-頭頸外科重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、吉林省醫(yī)學(xué)影像重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室設(shè)在醫(yī)院。醫(yī)院主辦的《中國實(shí)驗(yàn)診斷學(xué)》雜志是中國科技核心期刊。

吉林大學(xué)中日聯(lián)誼醫(yī)院同時(shí)作為臨床教學(xué)醫(yī)院——吉林大學(xué)白求恩醫(yī)學(xué)院第三臨床學(xué)院，擁有19個(gè)教研室，承擔(dān)著臨床醫(yī)學(xué)專業(yè)與日語醫(yī)學(xué)專業(yè)本科生教學(xué)任務(wù)。醫(yī)院是臨床醫(yī)學(xué)專業(yè)博士學(xué)位、碩士學(xué)位試點(diǎn)單位，擁有博士學(xué)位授權(quán)專業(yè)9個(gè)，碩士學(xué)位授權(quán)專業(yè)27個(gè)，臨床醫(yī)學(xué)博士后科研流動(dòng)站1個(gè)；博士研究生導(dǎo)師19名